Com o microscópio especular é possível observar a camada mais profunda da Córnea, o Endotélio Corneano, constituído por uma única camada de células, cuja principal função é regular o grau de hidratação do Estroma da Córnea, no sentido de manter a sua transparência.
É um exame complementar muito importante que permite caracterizar o endotélio e determinar a paquimetria corneana, permitindo analisar a morfologia e a densidade das células endoteliais, dados muito importantes para avaliar a viabilidade de uma córnea antes de um procedimento refrativo com lente intraocular fáquica ou cirurgia de catarata.